Son pocas las ocasiones en las cuales he necesitado de un keep alive para PL/SQL Developer, pero me ha ocurrido y para mi desgracia no he encontrado ninguna opción del estilo en la herramienta. Eso dificulta enormemente correr un debug por ejemplo, donde necesitamos avanzar paso a paso y ocasionalmente podemos demorar más que el tiempo de timeout.
Comentario aparte, una de las cosas que me molestan de PL/SQL Developer es el tiempo que queda trabado cuando se ha desconectado, a veces más de 1 minuto! Pero hay que reconocer que es una herramienta excelente cuando podemos trabajar normalmente.
Como PL/SQL Developer no permite más de 2 scripts ejecutando al mismo tiempo, debemos descartar la idea de crear un simple script con un loop y un SELECT para refrescar la conexión. Eso no nos permitiría por ejemplo ejecutar un debug sobre nuestra aplicación.
Workaround
Aunque ignoro si Allaround Automations planea en algún momento incluir algo de ese tipo (tengo la versión 8.0 y por ahora nada), hay una forma de sortear el problema y mantener la conexión activa, permitiéndonos trabajar normalmente. La opción es 'Sessions...' bajo el menú Tools.

Si presionamos botón derecho del mouse sobre ese botón, podemos definir el intervalo de refresh entre 1 y 60 segundos. Un valor de 30 debería ser suficiente la gran mayoría de los casos.
Me tardé un poco en descubrirlo pero espero que ayude a alguien.